Infrastruktura výzkumných biobank BBMRI_CZ: klíčový nástroj translačního výzkumu v onkologii


Autoři: P. Holub 1;  K. Greplová 2;  D. Knoflickova 3;  R. Nenutil 3;  D. Valík 2
Působiště autorů: CERIT-SC, Institute of Computer Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic, and Masaryk Memorial Cancer Institute, Regional Centre for Applied Molecular Oncology, Brno, Czech Republic 1;  Regional Centre for Applied Molecular Oncology and Department of Laboratory Medicine, Masaryk Memorial Cancer Institute, Brno, Czech Republic 2;  Regional Centre for Applied Molecular Oncology and Department of Pathology, Masaryk Memorial Cancer Institute, Brno, Czech Republic 3
Vyšlo v časopise: Klin Onkol 2012; 25(Supplementum 2): 78-81

Práce byla podpořena Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky (OP VaVpI – RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) a projekty Velkých infrastruktur pro VaVaI MŠMT BBMRI_CZ LM2010004 a CERIT-SC CZ.1.05/3.2.00/08.0144.

Autoři deklarují, že v souvislosti s předmětem studie nemají žádné komerční zájmy.

Redakční rada potvrzuje, že rukopis práce splnil ICMJE kritéria pro publikace zasílané do bi omedicínských časopisů.

Obdrženo: 12. 10. 2012
Přijato: 25. 10. 2012

Souhrn

V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.

Klíčová slova:
biobanka – databáze – výzkum rakoviny


Zdroje

1. Msmt.cz [online]. Ministerstvo školství mládeže a tělovýchovy; cMŠMT 2006-2012 [upd. květen 2011; cit. 22. října 2012]. Dostupné z: http://www.msmt.cz/mezinarodni-vztahy/vyzkum-a-vyvoj-1/aktualizovana-cestovni-mapa-cr-velkych-infrastruktur-pro?highlightWords=cestovn%C3%AD+mapa.

2. BBMRI.eu [online]. Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure; cBBMRI [cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu.

3. BBMRI.eu [online]. Wichmann HE, Kuhn KA, Waldenberger M et al. BBMRI Catalogue – System and Data Architecture. Technische Universität München, 2010; cBBMRI [upd. 4 October 2010; cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu/bbmri/index.php?option==com_docman&task=doc_details&gid=263&Itemid=97.

4. BBMRI.eu [online]. Kuhn KA. D5.2 Strategy for Unique and Secure Identities for Specimens, Subjects, and Biobanks. BBMRI, 2009. cBBMRI [upd. 14 April 2011; cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu/bbmri/index.php?option=com_docman&task=doc_details&gid=311&Itemid=97.

5. Svod.cz [online]. Dušek L, Mužík J, Kubásek M, et al. Epidemiologie zhoubných nádorů v České republice. Masarykova univerzita 2005. [cit. 25. října 2012]. Dostupné z: http://www.svod.cz.

6. Sova M, Tomášek J. SAML Metadata Management for eduID.cz. In: Proceedings, CESNET Conference 2008 – Security, Middleware, and Virtualization, Praha, CESNET z.s.p.o., 2008: 23–28.

7. Ciriani V, De Capitani di Vimercati S, Foresti S et al. k-Anonymity. In: Yu T, Jajodia S (eds). Secure Data Management in Decentralized Systems, Advances in Information Security. Vol. 33. Springer 2007: 323–353.

Štítky
Dětská onkologie Chirurgie všeobecná Onkologie

Článek vyšel v časopise

Klinická onkologie

Číslo Supplementum 2

2012 Číslo Supplementum 2

Nejčtenější v tomto čísle

Tomuto tématu se dále věnují…


Kurzy

Zvyšte si kvalifikaci online z pohodlí domova

Zánětlivá bolest zad a axiální spondylartritida – Diagnostika a referenční strategie
nový kurz
Autoři: MUDr. Monika Gregová, Ph.D., MUDr. Kristýna Bubová

Inhibitory karboanhydrázy v léčbě glaukomu
Autoři: as. MUDr. Petr Výborný, CSc., FEBO

Příběh jedlé sody
Autoři: MUDr. Ladislav Korábek, CSc., MBA

Krvácení v důsledku portální hypertenze při jaterní cirhóze – od pohledu záchranné služby až po závěrečný hepato-gastroenterologický pohled
Autoři: PhDr. Petr Jaššo, MBA, MUDr. Hynek Fiala, Ph.D., prof. MUDr. Radan Brůha, CSc., MUDr. Tomáš Fejfar, Ph.D., MUDr. David Astapenko, Ph.D., prof. MUDr. Vladimír Černý, Ph.D.

Rozšíření možností lokální terapie atopické dermatitidy v ordinaci praktického lékaře či alergologa
Autoři: MUDr. Nina Benáková, Ph.D.

Všechny kurzy
Kurzy Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Nemáte účet?  Registrujte se

Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se