Možnosti molekulárního testování somatických aberací v nádorové tkáni metodou NGS v rutinní praxi - aktuální situace v České republice


The possibilities of molecular testing of somatic aberrations in tumor tissue using NGS in routine practice - current situation in the Czech Republic

Molecular testing of tumor tissue for the detection of somatic aberrations using NGS is increasingly gaining significance in routine practice. The technical aspects of testing are standardized and currently do not pose a problem. However, the situation is evolving very rapidly regarding the indication of testing, which depends on the sometimes rapidly developing medical knowledge and needs in clinical practice. In order to implement NGS testing in practice and arrange its reimbursement by the health care system, first it is necessary to reach an agreement on the level of professional societies concerning the definition of priority and medically clearly justified areas in which molecular testing has a clear impact on therapeutical choices. The next step is to reach an agreement with the health insurance companies regarding NGS testing. The aim of this article is to provide an overview of the issue of routine tumor tissue testing using the NGS method covered by public health insurance, with a summary of the current situation in the Czech Republic. Only the testing of somatic aberrations in solid tumors performed at pathology departments is discussed. The issue of testing in haemato-oncological centres is not the subject of this review.

Keywords:

NGS – diagnostics – Prognosis – prediction


Autoři: Pavel Dundr 1;  Radoslav Matěj 2,3;  Aleš Ryška 4;  Jana Prausová 5;  Jindřich Fínek 6;  Luboš Petruželka 7;  Ivana Stružinská 1
Působiště autorů: Ústav patologie 1. LF UK a VFN v Praze 1;  Ústav patologie, 3. LF UK a FN Královské Vinohrady 2;  Ústav patologie a molekulární medicíny, 3. LF UK a Fakultní Thomayerova nemocnice 3;  Fingerlandův ústav patologie, LF UK a FN Hradec Králové 4;  Onkologická klinika 2. LF UK a Fakultní nemocnice v Motole 5;  Onkologická a radioterapeutická klinika LF UK v Plzni a Fakultní nemocnice Lochotín 6;  Onkologická klinika 1. LF UK a VFN v Praze 7
Vyšlo v časopise: Čes.-slov. Patol., 57, 2021, No. 3, p. 147-149
Kategorie: Přehledový článek

Souhrn

Molekulární testování nádorové tkáně za účelem detekce somatických aberací metodou NGS se stále více prosazuje do rutinní praxe. Vlastní technické provedení je standardizované a v současné době nepředstavuje problém. Situace se však velmi rychle vyvíjí s ohledem na indikaci testování, která se odvíjí od někdy až překotného rozvoje medicínských znalostí a potřeb v klinické praxi. Pro implementaci vlastního testování do praxe a jeho financování cestou úhradového systému zdravotní péče je však nutné v prvém kroku dosažení shody na úrovni odborných společností s vymezením prioritních a medicínsky jednoznačně opodstatněných oblastí, ve kterých má molekulární testování jednoznačný dopad na volbu terapie, a následně jednání s plátci. Cílem následujícího sdělení je podání přehledu problematiky rutinního testování metodou NGS z nádorové tkáně hrazeného z prostředků veřejného zdravotního pojištění, se shrnutím aktuální situace v České republice. Diskutováno je pouze testování somatických aberací v solidních nádorech prováděné na pracovištích patologie, problematika testování v rámci hematoonkologických center není cílem následujícího sdělení.

Klíčová slova:

NGS – diagnostika – prognóza - predikce

Molekulárnímu testování somatických aberací metodou NGS u solidních nádorů byla v posledních letech na úrovni jednání odborných společností (SČP a ČOS ČLS JEP) a plátců věnována značná pozornost. Důvodem je fakt, že význam tohoto testování jednoznačně narůstá a má přímé dopady na léčebný proces ve třech úrovních: diagnostické, prognostické a prediktivní. V současné době je toto testování v rutinní praxi v České republice (s úhradou z prostředků veřejného zdravotního pojištění) možné ve dvou základních okruzích. Jedním je testování s diagnostickým či prognostickým účelem, druhým je komplexní moleku- lární charakterizace nádoru primárně s prediktivním účelem. I přes určitý překryv, který mezi těmito okruhy panuje, zejména s ohledem na fakt, že výsledky komplexního molekulárního testování provedeného za diagnostickým účelem mohou mít zároveň význam prognostický a prediktivní, jsou tyto okruhy s ohledem na indikace a vykazování příslušných kódů oddělené. V následujícím textu budou projednávány samostatně.

Diagnostické testování metodou NGS

Toto testování je v České republice v „pilotním režimu“ možné od konce roku 2019 a to na podkladě dohody mezi SČP a plátci (současně byla v rámci tohoto jednání s plátci řešena i problematika hematoonkologických center a testování metodou NGS v těchto centrech, která však není předmětem tohoto sdělení). V rámci této dohody bylo definováno, že na vybraných pracovištích patologie (jedná se o 5 pracovišť ze sítě referenčních laboratoří pro prediktivní testování) bude možné v indikovaných případech testování metodou NGS s frekvenčním omezením 1 výkon na pacienta ročně. Vyšetření je vykazováno kódem 94365, jehož autorskou odborností je 816 (Společnost lékařské genetiky - SLG) a kód je odbornosti patologie 807_823 nasdílen. Indikace vychází z definovaného seznamu diagnóz, u kterých lze toto vyšetření provést. Indikace může být ze strany patologa v rámci diagnostické či diferenciálně diagnostické rozvahy, nebo ze strany onkologa při potřebě komplexní molekulární klasifikace nádoru s účelem jeho přesné typizace a stanovení dalších prognostických parametrů. Cíl tohoto testování primárně není prediktivní, byť zde, jak již bylo zmíněno, může docházet k určitému překryvu. Aktuálně se chystají jednání s plátci, jejichž cílem je vyhodnocení přechodného období, během kterého bylo testování prováděno, a diskuze nad jeho budoucí podobou, včetně možnosti rozšíření tohoto testování i na další pracoviště splňující příslušná kritéria (personální, přístrojová), a to i nad rámec pracovišť zařazených do sítě referenčních laboratoří pro prediktivní testování. Dalším bodem, který musí být diskutován, je rozšíření diagnóz, u kterých může být testování provedeno - v praxi se ukázalo, že seznam diagnóz je zcela jistě nekompletní a v některých situacích neodpovídá reálným potřebám testování.

Prediktivní testování metodou NGS

Toto vyšetření lze rozdělit na 2 okruhy. Prvním je testování cílené na somatické mutace genu BRCA1/2, které má úhrady ve vybraných laboratořích ze sítě referenčních laboratoří pro prediktivní testování už od září roku 2018 (kód vyšetření je 87800, autorská odbornost 807_823) a je cíleno na selekci nemocných vhodných pro léčbu PARP inhibitory. Testování bylo primárně určeno pro pacientky s karcinomem ovaria a následně rozšířeno i na diagnózu karcinomu pankreatu. Druhým okruhem je komplexní prediktivní testování metodou NGS, které je možné od 1. 3. 2021. Možnosti tohoto testování předcházelo delší období, během kterého se opakovaně sešli zástupci SČP a ČOS a byly definovány indikace tohoto testování a okruhy diagnóz, kde se v klinické praxi ukazuje použití NGS prediktivního testování jako nezbytné. Problematika byla průběžně řešena i na několika jednáních s plátci. Výsledkem této aktivity je vznik nových kódů (87801-87808, autorská odbornost 807_823), umožňujících toto testování u všech solidních nádorů na podkladě jasně definovaných kritérií uvedených v krycích listech jednotlivých výkonů. Výkony jsou nasmlouvány vybraným pracovištím ze sítě referenčních laboratoří pro prediktivní testování, smluvní politika je však plně v gesci plátců a síť se může u jednotlivých pojišťoven lišit. V obecném principu by mělo být vyšetření nasmlouváno všem referenčním laboratořím, které jsou v rámci instituce se statutem Komplexního onkologického centra, ale i dle selekčních kritérií referenčním laboratořím mimo KOC. U každého nádoru by mělo být v rámci komplexní charakterizace, která je cílem tohoto vyšetření, provedeno vyšetření definovaného minimálního panelu genů na úrovni DNA i RNA. Důležité je uvědomění si, k čemu je toto vyšetření určeno (tedy komplexní molekulární klasifikace nádorů nad rámec stávajících algoritmů prediktivního testování) a k čemu není. Zejména je nutné zdůraznit, že vyšetření nenahrazuje stávající algoritmy prediktivního testování, nejedná se o vyšetření určené pro plošné vyšetřování všech nádorů, a neznamená automatickou možnost testování každého jednotlivého markeru v přímé vazbě na konkrétní lék. Diagnostické okruhy se samostatnými kódy jsou karcinom plic, karcinom prsu, karcinom tlustého střeva a skupina nádorů neznámého zdroje a méně častých (tedy všech uvedených nad rámec 3 vyčleněných) diagnóz. Z definice kódu jednoznačně plyne, že výkon je prováděn výhradně za přesně specifikovaných podmínek na základě indikce multidisciplinárního indikačního semináře KOC a jeho účelem je umožnění kvalifikovaného rozhodnutí o dalším terapeutickém postupu v individuálním případě.

Seznamy panelů genů u jednotlivých diagnóz a jejich indikace

Nemalobuněčný karcinom plic (NSCLC)

Mutace (DNA): EGFR, KRAS, BRAF, MET, RET, PTEN, ARAF, MAP2K1, ALK, CDK12, CDKN2A, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MTOR, NF1, ATM, HER2, PIK3CA, STK11, KEAP1, DDR2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NRAS, TP53

Fúze (RNA): ALK, ROS1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, MET, FGFR1, FGFR2, FGFR3, NRG1, NUTM1

Indikace:

1. Pacienti s NSCLC budou nadále testováni reflexně dle v současné době platných algoritmů pro testování EGFR, ALK, ROS1, PD-L1.

2. Výkon bude prováděn výhradně na základě indikce multidisciplinárního indikačního semináře KOC (rozhodnutí o dalším terapeutickém postupu v individuálním případě). Testování metodou NGS bude vždy prováděno na žádost onkologa, buď v průběhu onemocnění, nebo hned v rámci primodiagnózy. Dle uvážení onkologa u metastazujícího onemocnění v případech, kdy mohou mít výsledky komplexního molekulárního testování potenciální klinický benefit, zejména:

- pacienti s vyčerpanými dalšími léčebnými možnostmi,

- pacienti s absencí driver mutací základních genů analyzovaných při reflexním testování s potenciálním klinickým benefitem rozšířeného testování,

- pacienti, u kterých je onkologem z důvodů potřeby znalosti komplexního molekulárního profilu indikováno vyšetření všech markerů před zahájením léčby.

3. U pacientů bude souběžně provedeno testování DNA i RNA panelem.

Karcinom prsu

Mutace (DNA): PIK3CA, ESR1, AKT1, ERBB2, ATM, CDK12, CDKN2A, BRAF, KRAS, PTEN, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MTOR, NF1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RB1, FAT1, TP53, BRCA1, BRCA2, ARID1A, ARID1B, ATR, CHK1, PALB2, KEAP1, PIK3R1, STK11

Fúze (RNA): ALK, ROS1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, MET, FGFR1, FGFR2, FGFR3

Indikace:

1. Pacienti s karcinomem prsu budou nadále testováni reflexně dle v současné době platných algoritmů pro testování HER2, ER, PR a Ki-67.

2. Výkon bude prováděn výhradně na základě indikce multidisciplinárního indikačního semináře KOC (rozhodnutí o dalším terapeutickém postupu v individuálním případě). Dle uvážení onkologa u metastazujícího onemocnění v případech, kdy mohou mít výsledky komplexního molekulárního testování potenciální klinický benefit.

3. U pacientů bude vždy souběžně provedeno testování DNA i RNA panelem.

Kolorektální karcinom

Mutace (DNA): KRAS, NRAS, BRAF, CDK12, CDKN2A, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MTOR, NF1, PTEN, STK11, KEAP1, ERBB2, TP53, PIK3CA, AKT1, ATM, NTRK1, NTRK2, NTRK3

Fúze (RNA): ALK, ROS1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, MET, FGFR1, FGFR2, FGFR3

Indikace:

1. Pacienti s kolorektálním karcinomem budou nadále testováni, a to na vyžádání onkologem, dle v současné době platných algoritmů pro testování v genech RAS (KRAS a NRAS) a BRAF.

2. Výkon bude prováděn výhradně na základě indikace multidisciplinárního indikačního semináře KOC (rozhodnutí o dalším terapeutickém postupu v individuálním případě). - s vyčerpanými standardními možnostmi léčby, - u kterých dle klinické úvahy výsledky testování mohou být relevantní i v průběhu léčby.

3. U pacientů bude souběžně provedeno testování DNA i RNA panelem.

Nádory neznámého primárního zdroje, další solidní nádory

Mutace (DNA): EGFR, KRAS, BRAF, MET, RET, PTEN, ARAF, MAP2K1, ALK, CDK12, CDKN2A, FGFR1, FGFR2, FGFR3, ESR1, AKT1, MTOR, NF1, ATM, HER2, PIK3CA, STK11, KEAP1, DDR2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NRAS, TP53, RB1, FAT1, BRCA1, BRCA2, ARID1A, ARID1B, ATR, CHK1, PALB2, PIK3R1, IDH1, IDH2

Indikace:

1. Výkon bude prováděn výhradně na základě indikce multidisciplinárního indikačního semináře KOC (rozhodnutí o dalším terapeutickém postupu v individuálním případě). - s vyčerpanými standardními možnostmi léčby, - u kterých dle klinické úvahy výsledky testování mohou být relevantní i v průběhu léčby.

2. U pacientů bude souběžně provedeno testování DNA i RNA panelem.

ZÁVĚR

Molekulární testování somatických aberací metodou NGS se stalo nezbytnou součástí diagnostického a léčebného procesu, jeho význam a množství situací vyžadujících jeho indikaci narůstá. Toto testování prováděné převážně ze tkáňových vzorků jednoznačně spadá pod odbornost patologie, tak jak je zdůrazněno v recentním vyjádření Evropské společnosti patologů (ESP) (1). Důvodů je více, mezi základní argumenty spadá zejména:

i) molekulární aberace musí být vyhodnoceny v kontextu morfologického nálezu, jelikož většina z nich je kontextově specifická;

ii) nutné je správné zhodnocení preanalytických faktorů;

iii) zásadní je zhodnocení dostatečného množství a procentuálního zastoupení nádorových elementů, v této souvislosti je důležité i zhodnocení zánětlivého infiltrátu a přítomnosti nekrózy;

iv) role patologa je nezastupitelná i v rámci výběru nejvhodnější metody, i se zohledněním doby odezvy a vyhodnocení celé integrované diagnózy.

Problematice prediktivního testování metodou NGS se věnuje i nedávné doporučení ESMO, kde je široce diskutována nejen indikace, ale i finanční aspekt a dopad na pacienty (2). Jde zejména o problematiku, kdy testování odhalí nějakou terapeuticky ovlivnitelnou aberaci pouze u části pacientů s pokročilými nádory, a ne vždy je tedy očekávání naplněno. Zásadní význam má u komplexního prediktivního testování metodou NGS molekulární tumor board (MTB), který by měl být ustanoven a fungovat v každém centru, ve kterém toto testování probíhá. Právě v rámci skupiny specializovaných odborníků účastnících se MTB jsou diskutovány indikace a výsledky testování (3). Důležitá je u prediktivního NGS testování standardizace reportování výsledků a jejich klinického významu, které by měla vycházet z jednoho ze tří celosvětově akceptovaných klasifikačních schémat - tedy OnkoKB (Memorian Sloan Kettering Cancer Center), ESCAT (ESMO scale for clinical actionability of molecular targets) a JSC (Joint Consensus Recommendation), což je společné doporučení Association for Molecular Pathology (AMP), American Society of Clinical Oncology (ASCO) a College of American Pathologists (CAP) (4-6).

Závěrem je nutné zdůraznit, že se jedná o vyšetření poměrně nákladné a v rutinní praxi musí být vyhrazeno pro jasně dané indikace, které jsou po odborné stránce přesně definované a mají reálný dopad na celý diagnosticko-terapeutický proces. Problematiku testování somatických aberací metodou NGS v žádném případě nelze pokládat za definitivně ukončenou, jedná se stejně jako v jiných oblastech o kontinuální proces, který si vyžaduje neustálé aktualizace a modifikace tak, aby reflektovala reálné potřeby pojištěnců a zdrojů plátců.

PROHLÁŠENÍ

Autor práce prohlašuje, že v souvislosti s tématem, vznikem a publikací tohoto článku není ve střetu zájmů a vznik ani publikace článku nebyly podpořeny žádnou farmaceutickou firmou. Toto prohlášení se týká i všech spoluautorů.

Adresa pro korespondenci:

Prof. MUDr. Pavel Dundr, Ph.D.

Ústav patologie 1. LF UK a VFN v Praze

Studničkova 2, 128 00 Praha 2

e-mail: pavel.dundr@vfn.cz


Zdroje

1. Matias-Guiu X, Stanta G, Carneiro F, et al. The leading role of pathology in assessing the somatic molecular alterations of cancer: Position paper of the european society of pathology. Virchows Arch 2020; 476(4): 491-497.

2. Mosele F, Remon J, Mateo J, et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (ngs) for patients with metastatic cancers: A report from the esmo precision medicine working group. Ann Oncol 2020; 31(11): 1491-1505.

3. Luchini C, Lawlor RT, Milella M, Scarpa A. Molecular tumor boards in clinical practice. Trends Cancer 2020; 6(9): 738-744.

4. Condorelli R, Mosele F, Verret B, et al. Genomic alterations in breast cancer: Level of evidence for actionability according to esmo scale for clinical actionability of molecular targets (escat). Ann Oncol 2019; 30(3): 365-373.

5. Li MM, Datto M, Duncavage EJ, et al. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: A joint consensus recommendation of the association for molecular pathology, american society of clinical oncology, and college of american pathologists. J Mol Diagn 2017; 19(1): 4-23.

6. Chakravarty D, Gao J, Phillips SM, et al. Oncokb: A precision oncology knowledge base. JCO Precis Oncol 2017; 2017: PO.17.00011.

Štítky
Patologie Soudní lékařství Toxikologie

Článek vyšel v časopise

Česko-slovenská patologie

Číslo 3

2021 Číslo 3

Nejčtenější v tomto čísle
Kurzy Podcasty Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Nemáte účet?  Registrujte se

Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu, se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se