#PAGE_PARAMS# #ADS_HEAD_SCRIPTS# #MICRODATA#

Rekonstrukce a analýza sítě circRNA-miRNA-mRNA v patologii karcinomu plic


Autoři: N. Hashemi 1;  A. Jamshidian 2,3;  S. Babaei 2,4;  A. Khazraei-Monfared 2,4;  A. Sayadi 2,5
Působiště autorů: Department of Biology, Faculty of Biological Sciences, East Tehran Branch (Ghiamdasht), Islamic Azad University, Tehran, Iran 1;  Biology Department, Kowsar poly-clinic, Tehran, Iran 2;  Tehran Medical Genetics Laboratory, Tehran, Iran 3;  Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Biological Sciences, Islamic Azad University-Tehran North Branch, Tehran, Iran 4;  Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Biological Sciences, Islamic Azad University-Central Tehran Branch, Tehran, Iran 5
Vyšlo v časopise: Klin Onkol 2022; 35(6): 461-472
Kategorie: Původní práce
doi: https://doi.org/10.48095/ccko2022461

Souhrn

Východiska: Cílem předkládané studie je získat vhled do patogenéze karcinomu plic (lung cancer –⁠ LC) a poskytnout nové bio­markery pro LC, a to vytvořením sítě regulačních cirkulárních (circ) RNA‑micro (mi) RNA‑mRNA. Materiál a metody: Pomocí R programovacího jazyku Limma byla prověřena data o vysokokapacitním (high-throughput) sekvenování circRNAs, miRNAs a mRNAs souvisejících s LC, která byla vzata z databáze Gene Expression Omnibus (GEO) a data o rozdílné expresi circRNAs, miRNAs a mRNAs. K vybudování sítě ceRNA byly použity páry circRNA-miRNA a miRNA-mRNA. Funkce rozdílné exprese circRNAs byly objasněny tak, že byla provedena analýza funkčního obohacení genů pomocí databází GO a KEGG. Vybrané prognostické geny pro LC byly navíc ověřeny v tkáňových čipech a pomocí imunohistochemie (IHC). Výsledky: V LC bylo celkem identifikováno 20 downregulovaných circRNAs, 55 upregulovaných miRNAs a 243 downregulovaných mRNA. Nakonec byla vytvořena síť circRNA-miRNA-mRNA ceRNA, která se skládala ze dvou circRNAs, dvou miRNAs a dvou mRNAs. Jak vyplynulo z analýzy založené na veřejných databázích a IHC, různé geny (tj. FXYD1 a SEMA5A) v této síti fungovaly jako prognostické faktory při LC. Provedením IHC a analýzami přežití bylo potvrzeno, že exprese FXYD1 a SEMA5A při LC byla downregulována a tato exprese odrážela vztah k celkovému přežití pacientů s LC. Závěry: Tato studie představuje nové vhledy do role circRNAs při rozvoji LC skrze mechanizmus ceRNA. Identifikace genů FXYD1 a SEMA5A by mohla fungovat jako nový a nezbytný prognostický ukazatel LC.

Klíčová slova:

karcinom plic – prognóza – cirkulární RNA – síť ceRNA


Zdroje

1. Barta JA, Powell CA, Wisnivesky JP. Global epidemiology of lung cancer. Ann Glob Health 2019; 85 (1): 8. doi: 10.5334/aogh.2419.

2. Torre LA, Siegel RL, Jemal A. Lung cancer statistics. Adv Exp Med Biol 2016; 893 : 1–19. doi: 10.1007/978-3-319-24223-1_1.

3. Blandin Knight S, Crosbie PA, Balata H et al. Progress and prospects of early detection in lung cancer. Open Biol 2017; 7 (9): 170070. doi: 10.1098/rsob.170070.

4. Li J, He J, Zhang Y et al. Survival in lung cancer among female never-smokers in rural Xuanwei and Fuyuan counties in Eastern Yunnan province, China. Zhongguo Fei Ai Za Zhi 2019; 22 (8): 477–487. doi: 10.3779/j.issn.1009 -⁠ -3419.2019.08.01.

5. Zhou X, Zhang Z, Liang X. Regulatory network analysis to reveal important miRNAs and genes in non-small cell lung cancer. Cell J 2020; 21 (4): 459–466. doi: 10.22074/cellj.2020.6281.

6. Su T, He C, Li X et al. Association between early informed dia­gnosis and survival time in patients with lung cancer. Psychooncology 2020; 29 (5): 878–885. doi: 10.1002/pon.5360.

7. Meng S, Zhou H, Feng Z et al. CircRNA: functions and properties of a novel potential bio­marker for cancer. Mol Cancer 2017; 16 (1): 94. doi: 10.1186/s12943-017-0663-2.

8. Zhang HD, Jiang LH, Sun DW et al. CircRNA: a novel type of bio­marker for cancer. Breast Cancer 2018; 25 (1): 1–7. doi: 10.1007/s12282-017-0793-9.

9. Suzuki H, Tsukahara T. A view of pre-mRNA splicing from RNase R resistant RNAs. Int J Mol Sci 2014; 15 (6): 9331–9342. doi: 10.3390/ijms15069331.

10. Chen LL, Yang L. Regulation of circRNA bio­genesis. RNA Biol 2015; 12 (4): 381–388. doi: 10.1080/15476286.2015.1020271.

11. Rong D, Sun H, Li Z et al. An emerging function of circRNA-miRNAs-mRNA axis in human diseases. Oncotarget 2017; 8 (42): 73271–73281. doi: 10.18632/oncotarget.19154.

12. Liang ZZ, Guo C, Zou MM et al. CircRNA-miRNA-mRNA regulatory network in human lung cancer: an update. Cancer Cell Int 2020; 20 : 173. doi: 10.1186/s12935-020-01245-4.

13. Tian Y, Xing Y, Zhang Z et al. Bioinformatics analysis of key genes and circRNA-miRNA-mRNA regulatory network in gastric cancer. Biomed Res Int 2020; 2020 : 2862701. doi: 10.1155/2020/2862701.

14. Pareek CS, Smoczynski R, Tretyn A. Sequencing technologies and genome sequencing. J Appl Genet 2011; 52 (4): 413–435. doi: 10.1007/s13353-011-0057-x.

15. Cui Z, Li Y, Gao Y et al. Cancer-testis antigen lactate dehydrogenase C4 in hepatocellular carcinoma: a promising bio­marker for early dia­gnosis, efficacy evaluation and prognosis prediction, Aging (Albany NY) 2020; 12 (19): 19455–19467. doi: 10.18632/aging.103879.

16. Qi X, Zhang DH, Wu N et al. CeRNA in cancer: possible functions and clinical implications. J Med Genet 2015; 52 (10): 710–718. doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103334.

17. Ergun S, Oztuzcu S. Oncocers: ceRNA-mediated cross-talk by sponging miRNAs in oncogenic pathways. Tumour Biol 2015 : 36 (5): 3129–3136. doi: 10.1007/s13277-015-3346-x.

18. Chan JJ, Tay Y. Noncoding RNA: RNA regulatory networks in cancer. Int J Mol Sci 2018; 19 (5): 1310. doi: 10.3390/ijms19051310.

19. Zhang J, Liu X, Yu G et al. UBE2C is a potential bio­marker of intestinal-type gastric cancer with chromosomal instability. Front Pharmacol 2018; 9 : 847. doi: 10.3389/fphar.2018.00847.

20. Ko PH, Lenka G, Chen YA et al. Semaphorin 5A suppresses the proliferation and migration of lung adenocarcinoma cells. Int J Oncol 2020; 56 (1): 165–177. doi: 10.3892/ijo.2019.4932.

21. Lu TP, Tsai MH, Lee JM et al. Identification of a novel bio­marker, SEMA5A, for non-small cell lung carcinoma in nonsmoking women. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2010; 19 (10): 2590–2597. doi: 10.1158/1055-9965.EPI-10--0332.

22. Chen WC, Wang CY, Hung YH et al. Systematic analysis of gene expression alterations and clinical outcomes for long-chain acyl-coenzyme A synthetase family in cancer. PLoS One 2016; 11 (5): e0155660. doi: 10.1371/journal.pone.0155660.

Štítky
Dětská onkologie Chirurgie všeobecná Onkologie

Článek vyšel v časopise

Klinická onkologie

Číslo 6

2022 Číslo 6
Nejčtenější tento týden
Nejčtenější v tomto čísle
Kurzy

Zvyšte si kvalifikaci online z pohodlí domova

BONE ACADEMY 2025
nový kurz
Autoři: prof. MUDr. Pavel Horák, CSc., doc. MUDr. Ludmila Brunerová, Ph.D, doc. MUDr. Václav Vyskočil, Ph.D., prim. MUDr. Richard Pikner, Ph.D., MUDr. Olga Růžičková, MUDr. Jan Rosa, prof. MUDr. Vladimír Palička, CSc., Dr.h.c.

Cesta pacienta nejen s SMA do nervosvalového centra
Autoři: MUDr. Jana Junkerová, MUDr. Lenka Juříková

Svět praktické medicíny 2/2025 (znalostní test z časopisu)

Eozinofilní zánět a remodelace
Autoři: MUDr. Lucie Heribanová

Hypertrofická kardiomyopatie: Moderní přístupy v diagnostice a léčbě
Autoři: doc. MUDr. David Zemánek, Ph.D., MUDr. Anna Chaloupka, Ph.D.

Všechny kurzy
Kurzy Podcasty Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu, se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se

#ADS_BOTTOM_SCRIPTS#