Metoda izolace DNA může ovlivnit stupeňpreferenční amplifikace alel polymerázovouřetězovou reakcí


The Method of DNA Isolation Can Affect the Rate of PreferentialAmplification of Alleles by the Polymerase Chain Reaction

Today, polymerase chain reaction is a common part of approaches serving for identification ofindividuals in legal medicine. This method is easily practicable, however attention must be paidto the optimization of reaction conditions and to the interpretation of results. From the literature,such cases are known, in which during amplification of extremely small amount of DNA (e.g. fromone cell) the polymerase chain reaction preferably amplifies only one of two in the template DNApresent alleles. If the amplified fragments differ in length, the shorter one is amplified preferably,and it may be cause of false results. In the presented study, DNA from 23 stains of male blood ondifferent fabrics was isolated by two different methods (by treatment with proteinase K andboiling and by treatment with Chelex 100). The obtained DNA samples were amplified usingprimers, they are complementary to the amelogenin gene sequences. The system is suitable forsex determination, because amplification of the X-chromosomal sequence provides a fragment inlength of 632 bp, amplification of the Y-chromosomal one a fragment in length of 443 bp. Theisolation method based on proteinase K led in 17.38 % of samples to the very intensive preferentialamplification of the longer allele, and therefore to a false result. The isolation method based onChelex 100 provided in all cases correct results with clearly recognizable preferential amplificati-on of the shorter allele. The reported results accentuate the meaning of choice of the appropriateisolation method, the need of accurate PCR optimization, and the careful interpretations of itsoutputs.

Key words:
polymerase chain reaction (PCR) - isolation of DNA - identification of individuals -preferential amplification


Autoři: M. Korabečná
Působiště autorů: Biologický ústav LF UK, Plzeň, vedoucí doc. RNDr. J. Reischig, CSc.
Vyšlo v časopise: Čes.-slov. Patol., , 2000, No. 1, p. 2-5
Kategorie: Články

Souhrn

Polymerázová řetězová reakce je dnes běžnou součástí postupů sloužících k identifikaci osobv soudním lékařství. Tato metoda je jednoduše proveditelná, pozornost však vždy musí být věno-vána optimalizaci reakčních podmínek a interpretaci výsledků. Z literatury jsou známy případy,kdy při amplifikaci extrémně malého množství DNA (např. z jediné buňky) došlo během polymerá-zové řetězové reakce k preferenčnímu namnožení jen jedné ze dvou v templátové DNA přítom-ných alel. Pokud se amplifikované fragmenty liší délkou, dochází k preferenční amplifikaciu kratšího z nich, což může být příčinou zavádějících výsledků. V prezentované práci bylo 23skvrn mužské krve na různých textilních materiálech podrobeno izolaci DNA dvěmi různýmimetodami (pomocí proteinázy K a povaření a pomocí Chelexu 100). Získaná DNA byla amplifiko-vána za použití primerů komplementárních k sekvencím genu pro amelogenin. Systém je vhodnýpro určení pohlaví jedince, neboť namnožením X chromosomální sekvence poskytuje fragmento délce 632 bp, amplifikací Y chromosomální sekvence fragment o délce 443 bp. Izolační metodavyužívající proteinázy K vedla v 17,38 % vzorků k velmi intenzivní preferenční amplifikaci delšíalely a tím k nesprávnému výsledku. Izolační metoda založená na působení Chelexu 100 poskytlavždy správný výsledek s jasně patrnou preferenční amplifikací kratší alely. Uvedené výsledkypodtrhují důležitost volby vhodné izolační metody, nutnost pečlivé optimalizace PCR a opatrnéinterpretace jejích výstupů.

Klíčová slova:
polymerázová řetězová reakce (PCR) - izolace DNA - identifikace osob - preferenčníamplifikace

Plné znění tohoto článku není v digitalizované podobě.
V případě zájmu kontaktujte NTO ČLS JEP, které vám může poskytnout sken časopisu.

Štítky
Patologie Soudní lékařství Toxikologie

Článek vyšel v časopise

Česko-slovenská patologie


2000 Číslo 1

Nejčtenější v tomto čísle

Tomuto tématu se dále věnují…


Kurzy

Zvyšte si kvalifikaci online z pohodlí domova

Krvácení v důsledku portální hypertenze při jaterní cirhóze – od pohledu záchranné služby až po závěrečný hepato-gastroenterologický pohled
nový kurz
Autoři: PhDr. Petr Jaššo, MBA, MUDr. Hynek Fiala, Ph.D., prof. MUDr. Radan Brůha, CSc., MUDr. Tomáš Fejfar, Ph.D., MUDr. David Astapenko, Ph.D., prof. MUDr. Vladimír Černý, Ph.D.

Rozšíření možností lokální terapie atopické dermatitidy v ordinaci praktického lékaře či alergologa
Autoři: MUDr. Nina Benáková, Ph.D.

Léčba bolesti v ordinaci praktického lékaře
Autoři: MUDr. PhDr. Zdeňka Nováková, Ph.D.

Revmatoidní artritida: včas a k cíli
Autoři: MUDr. Heřman Mann

Jistoty a nástrahy antikoagulační léčby aneb kardiolog - neurolog - farmakolog - nefrolog - právník diskutují
Autoři: doc. MUDr. Štěpán Havránek, Ph.D., prof. MUDr. Roman Herzig, Ph.D., doc. MUDr. Karel Urbánek, Ph.D., prim. MUDr. Jan Vachek, MUDr. et Mgr. Jolana Těšínová, Ph.D.

Všechny kurzy
Kurzy Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Nemáte účet?  Registrujte se

Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se