Pro studium genetické variability a genotypů RNA viru klíšťové encefalitidy byl vytvořen panel deoxyoligonukleotidových sond. Pomocí metod molekulární hybridizace pak tyto sondy, tvořené přesným řetězcem dusíkatých bází (adenin, guanin, cytosin, uracil), nasedají na specifická vazebná místa v RNA viru klíšťové encefalitidy. Postupnou změnou pořadí dusíkatých bází v sondě pak vědci byli schopni odhalit jednotlivé změny v řetězci RNA a tím určit různé varianty viru klíšťové encefalitidy, které existují.
Nalezené varianty byly dále zkoumány z hlediska jejich výskytu v oblasti Evropy a Asie. Výzkum přesných variant tohoto viru a místa jejich výskytu slouží k tomu, aby byla léčba klíšťové encefalitidy více cílená a tím účinnější a úspěšnější.
Metodou molekulární hybridizace bylo tedy s pomocí těchto panelů možno určit genotypy, ale zejména varianty genotypů a podjednotky genotypů tohoto viru. Předešlé poznatky o existenci 5 genotypů viru klíšťové encefalitidy byly potvrzeny. Jeden panel je schopný rozpoznat až 268 dosud archivovaných izolátů viru a každý z nich přiřadit k jeho genotypu.
Široce rozšířené, a tedy z hlediska epidemiologie velmi důležité jsou zejména tři genotypy, nazvané podle regionu svého výskytu genotyp evropský, genotyp sibiřský a genotyp Dalekého východu. Tyto tři genotypy zahrnují drtivou většinu objevených izolátů. Čtvrtý genotyp se vyskytuje pouze v oblasti ruského města Irkutsk a je představován pouze jedním izolátem viru. Pátý genotyp zahrnuje 10 izolátů, ale je velmi vzácný.
Díky identifikaci genotypů lze očkování proti viru klíšťové encefalitidy cílit na geograficky odpovídající variantu.
(ercp)
Zdroje:
J Med Virol. 2010 May; 82 (6): 965–76.
