Onemocnění Crohnovou nemocí či ulcerózní kolitidou probíhá v několika fázích, které mohou být ovlivněny mnoha faktory. Projevy onemocnění závisí na rozsahu postižení v počátku onemocnění, na věku, na délce trvání a na tíži příznaků.
Obtíže, které nemocný člověk zažívá, souvisejí s rozsahem a aktivitou zánětu. U některých nemocných se může ataka vyskytnout pouze jednou, izolovaně (v takovém případě ale není jisté, zda byla správně stanovena diagnóza).
U menší části nemocných je onemocnění vleklé, s těžkými příznaky a s potížemi i v klidové fázi. U většiny pacientů je ale průběh onemocnění přerušovaný, střídavý (chronický intermitentní).
Remise je fáze onemocnění, během které příznaky vymizí, pacient je bez obtíží. Endoskopický nález je v pořádku.
Hranice mezi aktivním onemocněním a remisí je ale velmi úzká, proto ji lze jen obtížně stanovit. Cílem léčby je zklidnit akutní fázi – vzplanutí choroby, prodloužit remisi, případně snížit tíži postižení střeva.
Relaps je období, během kterého střevní zánět novu vzplane. Trvání relapsu se v jednotlivých případech liší, délka vzplanutí je ovlivněna mnoha faktory, velkou roli zde ale hraje adekvátní léčba. Podle toho, jak často se relapsy vyskytují, lze průběh zánětlivé střevní choroby rozdělit na
Reaktivací se nazývá situace, kdy zánět znovu vzplane v úseku střeva, který již zánětem byl postižený. Často se tak stane po vysazení léčby.
Recidiva je onemocnění části střeva, která zánětem dosud postižena nebyla.
Termín rekurence se používá pouze u Crohnovy nemoci. Jde o stav, kdy se po chirurgickém odstranění veškerých postižených tkání objeví na střevní sliznici znovu zánětlivé změny.
Prorelaps Crohnovy nemoci je rozhodující to, kde byl trávicí trakt postižen. Relapsy se častěji vyskytují při postižení tlustého střeva, pokud je postiženo tenké střevo, bývají vzácnější. Užívání hormonální antikoncepce i kouření riziko relapsu zvyšují.