CtDNA jako nástroj pro neinvazivní diagnostiku a přesnější monitorování NHL
MUDr. Magdalena Zikmundová, Ph.D., z 1. interní kliniky 1. LF UK a VFN a Ústavu patologické fyziologie 1. LF UK v Praze přiblížila dva výzkumy využívající nové nástroje v diagnostice a monitorování nehodgkinských lymfomů (NHL) s využitím cirkulující nádorové DNA (ctDNA).
cfDNA, ctDNA a EPIC-seq
ctDNA tvoří malou součást cirkulující volné DNA (cfDNA), která se vyskytuje v tělních tekutinách (krvi, mozkomíšním moku, moči, slinách) a může být použita k hodnocení genových aberací, epigenetické krajiny nebo rysů fragmentů. Využívá se k neinvazivní diagnostice a klasifikaci lymfomů jako tekutá biopsie, ke stanovení prognózy, predikci odpovědi časně během léčby, detekci měřitelné reziduální nemoci (MRD) a predikci relapsu nebo genotypizaci tumoru před léčbou, během ní a po ní.
Z cfDNA lze určit diagnózu a klasifikaci lymfomů s využitím sekvenování EPIC-seq (epigenetic expression inference by cell-free DNA sequencing) a také hodnotit odpověď na léčbu, tj. monitorovat nemoc.
EPIC-seq využívá analýzy fragmentů ctDNA a míry náhodného naštěpení v dané oblasti (u vysoce exprimovaných genů je vyšší). Následně lze bioinformatickým modelem určit typ lymfomu. Při vývoji metody byl vytvořen panel 1676 genů, ty byly sekvenovány v oblasti promotorů, podle fragmentace této oblasti byla určena genová exprese a výsledky byly porovnány s poznatky získanými patologickou rutinou – korelace je zatím u různých typů lymfomů různá, například u klasického Hodgkinova lymfomu (cHL) 99%, u lymfomu z plášťových buněk (MCL) 95%, u mnohočetného myelomu (MM) 86%, u difuzního velkobuněčného B lymfomu (DLCBL) 61%. Metoda je samozřejmě dále vyvíjena a zdokonalována.
Neinvazivní klasifikace NHL
První z přiblížených výzkumů zahrnoval 2 projekty.
V prvním bylo cílem neinvazivně klasifikovat NHL s využitím EPIC-seq a zahrnoval i pražskou kohortu – 584 pacientů s lymfomy diagnostikovanými a léčenými ve VFN. Výzkumníci podrobili vzorky jejich krevní plazmy EPIC-seq a vzorky tkání fixovaných formalínem a zalitých do parafinu (FFPE) diagnostice patologem. Byla provedena rovněž klasifikace a analýza profilu genové exprese (GEP).
Ve druhém se zaměřili na DLBCL, u něhož se setkáváme se značnou heterogenitou. V pražské kohortě jej mělo 231 pacientů. EPIC-seq může identifikovat a klasifikovat vyšší podíl DLBCL jako klinicky relevantní genetické podtypy (např. oproti klasifikačnímu nástroji LymphGen).
Monitorování nemoci
Druhý výzkum se týkal monitorování onemocnění. Jeho účelem bylo zhodnotit odpověď a predikovat časný relaps u pacientů s periferním T-buněčným lymfomem (PTCL), kteří byli léčeni ve studii fáze II CHEPA, přičemž ctDNA byla analyzována sekvenováním CAPP-seq (cancer personalized profiling by deep sequencing). Zmíněná studie zkoumá účinnost a bezpečnost brentuximab vedotinu v kombinaci s režimem CHEP (cyklofosfamid, doxorubicin, etoposid, prednison) u pacientů s nově diagnostikovaným CD30-pozitivním PTCL v 7 centrech v Česku. Analyzovány byly údaje 26 z 28 pacientů, jimž byly odebrány vzorky.
CAPP-seq bylo zavedeno v roce 2016 a od té doby je zdokonalováno. Součástí je velice složitá bioinformatická analýza. Metody jako CAPP-seq prokázaly mimořádnou citlivost při detekci MRD a predikci relapsu před klinickou či radiologickou progresí.
Závěr
Výše přiblížené nástroje podporují potenciál ctDNA, která je schopna umožnit ústup od spoléhání se na invazivní biopsii. Nakonec, po dalším zdokonalení, mohou pomoci zlepšit i výsledky pacientů s NHL.
Eva Srbová
redakce proLékaře.cz
Zdroj: Zikmundová M. The role of ctDNA in non-Hodgkin lymphomas: a tool for noninvasive diagnosis and more accurate monitoring. 37. OHD, Olomouc, 22. 5. 2025.