Vývoj jednoduché a rychlé eseje ke zjištění RNA viru klíšťové encefalitidy

Virus klíšťové encefalitidy (KE) je u lidí zodpovědný za akutní onemocnění centrálního nervového systému. Virus KE má tři subtypy –⁠ západní (virus středoevropské klíšťové encefalitidy –⁠ Eu), východní (virus ruské jaro-letní encefalitidy –⁠ Fe) a virus omské hemoragické horečky (sibiřský –⁠ Sib). Cílem studie publikované v časopise Virology Journal bylo najít jednoduchý způsob, jak detekovat RNA viru KE s využitím reverzní transkriptázy (reverse-transcriptase loop-mediated isothermal amplification –⁠ RT-LAMP). Metoda umí rozlišit jednotlivé subtypy viru KE, a může tak být použita nejen k diagnostice, ale i v epidemiologickém zkoumání.

Na počátku vývoje eseje byly navrženy vhodné primery specifické pro virus KE a jeho jednotlivé subtypy. RNA Fe subtypu viru KE byla in vitro transkribována a poté opakovaně zředěna a použita k určení senzitivity eseje. Zkřížená reaktivita mezi jednotlivými subtypy byla studována na vzorcích RNA kmenu Oshima a Sofjin (Fe), IR-99 (Sib) a Hochosterwitz (Eu). V eseji byla analyzována RNA extrahovaná ze směsi viru KE a klíšťat, viru KE a lidské krve a myších tkání infikovaných virem KE. Pozitivní amplifikace byla pozorována v reálném čase vznikem zákalu a vizuální detekcí barevné změny.

Senzitivita RT-LAMP k detekci RNA viru KE byla 10² kopií RNA na reakci. RT-LAMP k detekci Fe-KE amplifikovala geny kmenů Oshima a Sofjin, ale ne kmeny IR-99 a Hochosterwitz. RT-LAMP k detekci Sib a Eu specificky amplifikovala kmeny IR-99 a Hochosterwitz. Studie zároveň prokázala, že extrakt klíštěte nebo lidská krev neinhibovaly amplifikaci genů. Navíc byla esej schopná detekovat i RNA z periferní a centrální nervové soustavy laboratorních myší s KE.

RT-LAMP k detekci RNA viru KE nabízí senzitivní, specifickou a rychlou esej k detekci RNA viru KE ve vzorcích z klíšťat i klinických vzorcích od pacientů, u kterých je podezření na nákazu virem KE.

(epa)

Zdroj: Daisuke Hayasaka, Kotaro Aoki, Kouichi Morita. Development of simple and rapid assay to detect viral RNA of tick-borne encephalitis virus by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification. Virology Journal 2013, 10 : 68; doi:10.1186/1743-422X-10-68.