'PATOLOGIE CNS

... metylačné profilovanie má významný dopad na diagnostiku mozgových nádorov

Účinná liečba nádorov centrálneho nervového systému závisí od správnosti diagnózy. Tradične je diagnóza založená na histologickom obraze, imunohistochemických vyšetreniach, a v posledných rokoch sa stále viac uplatňujú molekulárne markery: bodové mutácie, fúzne gény, variácie počtu kópií génov a ďalšie genomické alterácie. Epigenetické zmeny, predovšetkým metylačné profilovanie, predstavujú inovatívne vyšetrenia v diagnostike nádorov. V praxi Heidelbergský klasifikátor založený na DNA metylačnom profile zaradzuje tumory do skupiny s kalibračným skóre. Vysoké skóre (viac ako 0,90 prípadne 0,84) vyjadruje vysokú istotu metylačnej diagnózy. Z metylačných štúdií ale vyplýva, že metylačné skóre vysokej istoty je dosiahnuté len v 50 –⁠ 70 % prípadov. Tieto štúdie tiež poukazujú na užitočnosť metylačného klasifikátora na potvrdenie, spresnenie a niekedy aj na významnú zmenu diagnózy založenej len na histopatologickom vyšetrení. Zároveň sa objavujú výzvy spojené s diagnostikou v prípadoch nádorov s metylačným klasifikátorom pod hranicou vysokej istoty, čo môže byť dôsledkom viacerých príčin: tumor nie je zahrnutý v klasifikátore, tumor je zahrnutý v klasifikátore, ale je na hranici metylačnej skupiny, prípadne vo vzorke nie je dostatok kvalitnej nádorovej DNA.

Autori práce aplikovali integrovaný diagnostický prístup s metylačným profilovaním na súbor 1258 neuropatologických vzoriek, vyšetrených predovšetkým v konzultačnej praxi, v období dvoch rokov. Metylačné skóre vysokej istoty (viac ako 0,84) bolo dosiahnuté v 66,4% prípadov, z ktorých klasifikátor ovplyvnil diagnózu v 46,7 % prípadov, čo zahrňovalo významnú zmenu diagnózy v 26,9 % prípadov. Z 289 prípadov zaslaných len s deskriptívnou diagnózou, melylácia poskytla diagnózu s vysokou istotou v 49,8 % prípadov. Následné vyšetrovacie metódy, po klasifikátore s nízkym skóre, viedli k dodiagnostikovaniu prípadu v 41,6 % prípadov. Významným limitujúcim faktorom metylácie bola nádorová purita vzorky.

Genetické metodiky významne zmenili diagnostiku mozgových nádorov v posledných rokoch. Zatiaľ najnovšou a najpokrokovejšou genetickou metodikou, ktorá sa už používa v diagnostickej praxi je metylačné profilovanie. Dokáže pomôcť s diagnózou mnohých histopatologicky problematických nálezov. Tak ako ostatné metodiky má svoje limitácie a určite nenahrádza podrobné histopatologické vyšetrenie.

Zdroj:

Wu Z et al. Impact of the methylation classifier and ancillary methods on CNS tumor diagnostics. Neuro Oncol 2022; 24(4): 571-581.