#PAGE_PARAMS# #ADS_HEAD_SCRIPTS# #MICRODATA#

Next-generation sequencing


Authors: Eva Froňková
Authors place of work: Laboratoř molekulární genetiky CLIP, Klinika dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol, Praha
Published in the journal: Čes.-slov. Patol., 49, 2013, No. 3, p. 129-132
Category: Přehledový článek

Summary

Next generation or massive parallel sequencing (MPS) is a rapidly advancing method in molecular genetics that will bring significant changes in the personalized medicine field. In this review we briefly describe major types of MPS, including whole-genome, -exome, -transcriptome and amplicon sequencing. We also present an overview of the advantages, drawbacks and possible applications of sequencing technologies available in the Czech Republic.

Keywords:
massive parallel sequencing – next generation sequencing – whole-genome – exome – transcriptome – amplicon sequencing


Zdroje

1. Meyerson M, Gabriel S, Getz G. Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing. Nat Rev Genet 2011; 11(10): 685–696.

2. Welch JS, Link DC. Genomics of AML: clinical applications of next-generation sequencing. Hematology Am Soc Hematol Educ Program 2011; 30–35.

3. Teer JK, Mullikin JC. Exome sequencing: the sweet spot before whole genomes. Hum Mol Genet 2010; 19(R2): R145–151.

4. Gartner J, Davis S, Wei X, et al. Comparative exome sequencing of metastatic lesions provides insights into the mutational progression of melanoma. BMC Genomics 2012; 13: 505.

5. Malone JH, Oliver B: Microarrays, deep sequencing and the true measure of the transcriptome. BMC Biol 2011; 9: 34.

6. Logan AC, Gao H, Wang C, Sahaf B, et al. High-throughput VDJ sequencing for quantification of minimal residual disease in chronic lymphocytic leukemia and immune reconstitution assessment. Proc Natl Acad Sci USA 2011; 108(52): 21194– 21199.

7. Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences. Nature 2009; 462(7271): 315–322.

8. Glenn TC. Field guide to next-generation DNA sequencers. Mol Ecol Resour 2011; 11: 759–769.

9. Loman NJ, Misra RV, Dallman TJ, et al. Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms. Nat Biotechnol 2012; 30(5): 434–439.

10. Liu L, Li Y, Li S, et al. Comparison of next-generation sequencing systems. J Biomed Biotechnol 2012; 251364.

11. Quail MA, Smith M, Coupland P, et al. A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers. BMC Genomics 2012; 13: 341.

Štítky
Patologie Soudní lékařství Toxikologie

Článek vyšel v časopise

Česko-slovenská patologie

Číslo 3

2013 Číslo 3

Nejčtenější v tomto čísle
Kurzy

Zvyšte si kvalifikaci online z pohodlí domova

Důležitost adherence při depresivním onemocnění
nový kurz
Autoři: MUDr. Eliška Bartečková, Ph.D.

Svět praktické medicíny 1/2024 (znalostní test z časopisu)

Koncepce osteologické péče pro gynekology a praktické lékaře
Autoři: MUDr. František Šenk

Sekvenční léčba schizofrenie
Autoři: MUDr. Jana Hořínková

Hypertenze a hypercholesterolémie – synergický efekt léčby
Autoři: prof. MUDr. Hana Rosolová, DrSc.

Všechny kurzy
Kurzy Podcasty Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu, se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se

#ADS_BOTTOM_SCRIPTS#