Novinky v molekulární diagnóze flavivirů

Rod Flavivirus patří mezi RNA viry a zahrnuje původce závažných onemocnění. Jedná se zejména o klíšťovou encefalitidu a dále o exotické choroby, jako jsou horečka dengue, žlutá zimnice a japonská encefalitida. Vzhledem k tomu, že klinická diagnostika je kvůli nespecifické etiologii onemocnění nemožná, zbývá k prokázání přítomnosti flavivirů laboratorní diagnostika.

V posledních dekádách se hojně využívá sérologických testů. Často se však lze setkat s chybným určením původce. Na vině je zkřížená reaktivita různých druhů virů.

Přesnější metodou je kombinace RT-PCR pro namnožení vzorku a jeho následná analýza. U RT-PCR se templátová RNA viru obsažená v séru či plazmě pacienta nejdříve pomocí reverzní transkriptázy přepíše do DNA. Ta se pak amplifikuje za použití klasické polymerázové řetězové reakce. Využitelnost však v běžné praxi klesá kvůli značné časové náročnosti. Namnožení vzorku a přesná diagnostika trvají více než 7 dní, což se neslučuje se snahou lékařů o dostatečnou kontrolu akutního onemocnění.

Skupina vědců při Institutu Roberta Kocha v Berlíně se pokusila upravit metodologii celé diagnostiky tak, aby byla nejenom dostatečně přesná, ale zároveň rychlá. Místo klasické RT-PCR použila k namnožení vzorku tzv. real-time technologie. Sem patří LAMP (loop-mediated isothermal amplification), TMA (transcription-mediated amplification) a  NASBA (nucleic acid sequence-based amplification). Tyto postupy se jeví pro použití v praxi jako vhodné. Splňují důležité aspekty, jako jsou jednoduchost, specifičnost, ekonomičnost a rychlost. K namnožení vzorku nukleové kyseliny dochází díky obohacovacímu kultivačnímu kroku řádově za desítky minut. To má pro praktické použití nemalý význam.

Výsledek této studie nám tedy mnohé napovídá o směřování laboratorní diagnostiky v blízké budoucnosti.

(msd)

Zdroj: Cristina Domingo, Pranav Patel, Sonja Linke, Katharina Achazi, Matthias Niedrig. Molecular diagnosis of Flaviviruses. Future Virology. 2011; 6 (9): 1059–1074. Publikováno online dne 31. 11. 2011.

MUDr. Emil Pavlík. Molekulárně biologické techniky pro mikrobiologickou diagnostiku – část 6.