Molekulární a antigenní analýza hemaglutininu virů chřipky A H3N2 detekovaných v České republice v epidemické sezoně 2014/2015


Autoři: A. Nagy 1,2;  H. Jiřincová 2;  J. Kynčl 3,4;  M. Havlíčková 2
Působiště autorů: Laboratory of Molecular Methods, State Veterinary Institute Prague, Czech Republic 1;  National Reference Laboratory for Influenza, National Institute of Public Health, Prague, Czech Republic 2;  Department of Infectious Diseases Epidemiology, National Institute of Public Health, Prague, Czech Republic 3;  Department of Epidemiology, Third Faculty of Medicine, Charles University in Prague, Czech Republic 4
Vyšlo v časopise: Epidemiol. Mikrobiol. Imunol. 65, 2016, č. 2, s. 92-101
Kategorie: Původní práce

Souhrn

Epidemická sezona 2014/2015 byla charakterizována dominancí subtypu H3N2. Cílem této studie je analýza genetické a antigenní heterogenity kmenů H3N2 detekovaných v České republice v období listopad 2014 až březen 2015 na úrovni molekuly hemaglutininu (HA) H3. Za tímto účelem byla provedena fylogenetická analýza reprezentativních sekvencí H3 HA a glykosylační status a klíčové antigenní mutace byly porovnány s vakcinálními kmeny pro roky 2014 a 2015 (A/Texas/50/2012 a A/Switzerland/9715293/2013) a následně vizualizovány v krystalografické struktuře proteinu H3. Molekulární analýza byla doplněna o výsledky hemaglutinačně inhibičního testu (HIT) s patnácti H3N2 kmeny s využitím antisér A/Texas/50/2012 a A/Switzerland/9715293/2013. Výsledky analýzy českých H3N2 kmenů cirkulujících v sezoně 2014/2015 slouží jako doplnění výsledů oficiálních institucí o data z konkrétní geografické oblasti.

KLÍČOVÁ SLOVA:
influenza – chřipka – H3N2 – hemaglutinin


Zdroje

1. Recommendations on the composition of influenza virus vaccines [online]. Geneva: World Health Organization, 2016 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

2. European Centre for Disease Prevention and Control. Rapid risk assessment. Circulation of drifted influenza A(H3N2) viruses in the EU/EEA [online]. Stockholm: ECDC, 22 Dec 2014 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

3. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2015 southern hemisphere influenza season [online]. Geneva: World Health Organization, 25 Sep 2014 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

4. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2015- 2016 northern hemisphere influenza season [online]. Geneva: World Health Organization, 26 Feb 2015 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

5. European Centre for Disease Prevention and Control. Influenza virus characterization [online]. Stockholm: ECDC, Feb 2015 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

6. Lee PS, Ohshima N, Stanfield LR, et al. Receptor mimicry by antibody F045–092 facilitates universal binding to the H3 subtype of influenza virus. Nat Commun, 2014;5:3614.

7. International Classification of Diseases (ICD). Version 2015 vaccines [online]. Geneva: World Health Organization, 2016 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

8. WHO Global Influenza Surveillance Network. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza. Geneva: World Health Organization; 2011. ISBN 978 92 4 154809 0.

9. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [online]. Bethesda: NCBI [cit. 2016-01-12]. Available at www:

10. Global initiative on sharing avian influenza data, (GISAID) [online]. Munich: GISAID, 2015 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

11. Katoh K, Misawa K, Kuma K, et al. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Res, 2002;30(14):3059–3066.

12. Hall TA. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl Acids Symp Ser, 1999;41:95–98.

13. Tamura K, Stecher G, Peterson D, et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol, 2013;30(12):2725–2729.

14. NetNGlyc 1.0 Server [online]. Lyngby: Center for Biological Sequence Analysis, 2015 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

15. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2012-2013 northern hemisphere influenza season [online]. Geneva: World Health Organization, Feb 2012 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

16. Berman HM, Westbrook J, Feng Z, et al. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res, 2000;28(1):235–242. 

17. Krieger E, Vriend G. YASARA View – molecular graphics for all devices – from smartphones to workstations. Bioinformatics, 2014;30(20):2981–2982.

18. Wiley DC, Wilson IA, Skehel JJ. Structural identification of the antibody-binding sites of Hong Kong influenza haemagglutinin and their involvement in antigenic variation. Nature, 1981;289(5796):373–378.

19. Nakajima S, Nobusawa E, Nakajima K. Variation in response among individuals to antigenic sites on the HA protein of human influenza virus may be responsible for the emergence of drift strains in the human population. Virology, 2000;274(1):220–231.

20. Flu News Europe. Joint ECDC-WHO/Europe weekly influenza update [online]. Stockholm: ECDC, 2016 [cit. 2016-01-12]. Available at www:

21. Zhang M, Gaschen B, Blay W, et al. Tracking global patterns of N-linked glycosylation site variation in highly variable viral glycoproteins: HIV, SIV, and HCV envelopes and influenza hemagglutinin. Glycobiology, 2004;14(12):1229–1246.

22. Skehel JJ, Stevens DJ, Daniels RS, et al. A carbohydrate side chain on hemagglutinins of Hong Kong influenza viruses inhibits recognition by a monoclonal antibody. Proc Natl Acad Sci USA, 1984;81(6):1779–1783.

23. Abe Y, Takashita E, Sugawara K, et al. Effect of the addition of oligosaccharides on the biological activities and antigenicity of influenza A/H3N2 virus hemagglutinin. J Virol, 2004;78(18):9605–9611.

24. Vigerust DJ, Ulett KB, Boyd KL, et al. N-linked glycosylation attenuates H3N2 influenza viruses. J Virol, 2007;81(16):8593–8600.

25. Seidel W, Künkel F, Geisler B, et al. Intraepidemic variants of influenza virus H3 hemagglutinin differing in the number of carbohydrate side chains. Arch Virol, 1991;120(3–4):289–296.

26. Shakin-Eshleman SH, Spitalnik SL, Kasturi L. The amino acid at the X position of an Asn-X-Sersequon is an important determinant of N-linked core-glycosylation efficiency. J Biol Chem, 1996;271(11):6363–6366.

27. Kulakosky PC, Hughes PR, Wood HA. N-Linked glycosylation of a baculovirus-expressed recombinant glycoprotein in insect larvae and tissue culture cells. Glycobiology, 1998;8(7):741–745.

28. Fleury D, Wharton SA, Skehel JJ, et al. Antigen distortion allows influenza virus to escape neutralization. Nat Struct Biol, 1998;5(2):119–123.

29. Koel BF, Burke DF, Bestebroer TM, et al. Substitutions near the receptor binding site determine major antigenic change during influenza virus evolution. Science, 2013;342(6161):976–979.

30. Bizebard T, Barbey-Martin C, Fleury D, et al. Structural studies on viral escape from antibody neutralization. Curr Top Microbiol Immunol, 2001;260:55–64.

31. Medeiros R, Escriou N, Naffakh N, et al. Hemagglutinin residues of recent human A(H3N2) influenza viruses that contribute to the inability to agglutinate chicken erythrocytes. Virology, 2001;289(1):74–85.

Štítky
Hygiena a epidemiologie Infekční lékařství Mikrobiologie

Článek vyšel v časopise

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

Číslo 2

2016 Číslo 2

Nejčtenější v tomto čísle

Tomuto tématu se dále věnují…


Kurzy

Zvyšte si kvalifikaci online z pohodlí domova

Léčba bolesti v ordinaci praktického lékaře
nový kurz
Autoři: MUDr. PhDr. Zdeňka Nováková, Ph.D.

Revmatoidní artritida: včas a k cíli
Autoři: MUDr. Heřman Mann

Jistoty a nástrahy antikoagulační léčby aneb kardiolog - neurolog - farmakolog - nefrolog - právník diskutují
Autoři: doc. MUDr. Štěpán Havránek, Ph.D., prof. MUDr. Roman Herzig, Ph.D., doc. MUDr. Karel Urbánek, Ph.D., prim. MUDr. Jan Vachek, MUDr. et Mgr. Jolana Těšínová, Ph.D.

Léčba akutní pooperační bolesti
Autoři: doc. MUDr. Jiří Málek, CSc.

Nové antipsychotikum kariprazin v léčbě schizofrenie
Autoři: prof. MUDr. Cyril Höschl, DrSc., FRCPsych.

Všechny kurzy
Kurzy Doporučená témata Časopisy
Přihlášení
Zapomenuté heslo

Nemáte účet?  Registrujte se

Zapomenuté heslo

Zadejte e-mailovou adresu se kterou jste vytvářel(a) účet, budou Vám na ni zaslány informace k nastavení nového hesla.

Přihlášení

Nemáte účet?  Registrujte se