ESHG Conference – Satellite meeting, MiCo

Miláno, 30. května 2014

Letošní ESHG konference v Miláně měla své předkonferenční schůzování 30. května 2014 na téma „Klinické problémy a otázky kvality při vnášení nových technologií do genomiky“.

V rámci jednodenního programu přednášek a diskuzí se účastníci jednání nejen seznámili s dosud získanými zkušenostmi, ani ne tak po stránce technické týkající se sekvenací nových generací (NGS), ale hlavně s výsledky jejich aplikací v podobě celogenomového sekvenování (WGS), či exomového (WES). A díky tomu se již v mnoha státech požívání NGS intenzivně rozvíjí a počty vyšetřených osob rychle rostou (Velká Británie plánuje vyšetřit 100 000 osob v nejbližších 5 letech, kdy v závěrečné etapě předpokládá až 100 analýz denně (30 000 ročně)). Zatímco metoda microarrayCGH (komparativní genomová hybridizace) problémy se standardizací a ověřováním kvality a laboratorní (analytickou) interpretací výsledků patrně již zvládla, před aplikacemi NGS se tyto problémy teprve otevírají a vyžadují urychlené zvládnutí problémů, které je nezbytné vyřešit dříve, než se tyto metody stanou běžným pomocníkem klinické medicíny –⁠ než definitivně přejdou z oblasti výzkumu do rutinní diagnostiky. Zdá se, že v některých státech již potřebná pravidla vytvořili (Austrálie); v EU (Eurogentest) se připravuje jejich vydání na www stránkách vycházejících z původních doporučení (1) v nejbližších dnech. V každém případě budou tato pravidla vyžadovat celosvětové rozšíření s nezbytným zohledněním případných odlišností v etických hlediscích. Jedním ze základních požadavků bude sjednocení úrovně kvality, kterou je např. povolená hranice odhadovaných chyb (při tzv 1krát coverage se odhad počtu chyb rovná 1/10 000) a zavedení systému externí kontroly kvality tak, aby bylo možné sjednotit parametry identifikace odchylek (variant calling), jejich vyhodnocování z funkčního hlediska a postupy při získání abnormálních výsledků. Diskuze ukázala, že na otázku zda výsledky NGS je nutné ověřovat klasickou sekvenací (Sanger) se názory přítomných odborníků lišily.

Pochopitelně je třeba též sjednotit nároky na obsah klinikům předávaných informací. Nejzávažnější problémy se momentálně zdají přinášet tzv. „incidental findings“ –⁠ náhodné nálezy (2). Na podávání informací o nich jsou zcela rozdílné názory, neboť jejich význam je obvykle, v době jejich nálezu, nejasný. Proto v těch institucích, kde o nich neinformují, přistupují k možnosti návratu k výsledkům po několika letech a k jejich novému zhodnocení (někdy jen na žádost dotčené osoby). The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) již dala svá doporučení k vydávání nálezů.

Zvláštní pozornost byla věnována etickým a sociálním aspektům genomové diagnostiky, kde došlo, vzhledem k tradičnímu pojetí, ke znatelným změnám v názorech na testování nezletilých v pozitivním smyslu. V současnosti jsou v řadě zemí používány metody NGS v tzv. cílené aplikaci (gene targetting), kde jak ukazují např. italské zkušenosti, lze ve srovnání s klasickým přístupem dosáhnout značných ekonomických úspor (např. vyšetření BRCA1 klasicky odpovídá cca 1700 euro, zatímco WES 2150 euro). Rovněž se rozšiřuje vytváření a používání genových panelů, které pokrývají určitou klinickou oblast a testují skupiny genů v počtech od několika desítek až stovek genů –⁠ např. (https://genetics.emory.edu/egl/about/index.php/1583).

Oblastí, na kterou se nyní zaměřuje projekt DDG2P (Developmental Disorders), a současně tak ukazuje směr vývoje výzkumu a diagnostiky zahrnuje nejméně 1000 genů a celosvětově na něm spolupracuje 206 center s přibližně 28 000 pacienty. (www.ddduk.org, decipher.sanger.ac.uk).

prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.