#PAGE_PARAMS# #ADS_HEAD_SCRIPTS# #MICRODATA#

AKTUALITY Z NÁRODNÍHO ÚSTAVU PRO VÝZKUM RAKOVINY


Published in: Klin Onkol 2026; 39(1): 70-71
Category: Oncology Highlights

CD molecules nomenclature 2025: antibody validation and expression profiling of immune system G protein-coupled receptors

Fernández-Calles J, Kužílková D, … Kalina T, Engel P.

Eur J Immunol 2025; 55 (12): e70099. doi: 10.1002/eji.70099.

Monoklonální protilátky namířené proti molekulám exprimovaným na buněčném povrchu představují základní nástroj současného biomedicínského výzkumu, laboratorní diagnostiky i moderní cílené terapie. Již více než čtyři desetiletí je jejich pojmenování dáno nomenklaturou CD (cluster of differentiation) garantovanou Mezinárodní unií imunologických společností (International Union of Immunological Societies –⁠ IUIS).

Povrchové molekuly leukocytů hrají klíčovou roli v regulaci vrozené i adaptivní imunitní odpovědi. Umožňují migraci buněk, jejich vzájemnou komunikaci, rozpoznávání patogenů, udržování imunitní homeostázy i prevenci autoimunitních reakcí. Molekuly CD tedy slouží nejen jako zásadní markery fenotypů při průtokové cytometrii, ale zároveň i jako cíle terapeutických monoklonálních protilátek využívaných v onkologii, léčbě autoimunitních onemocnění i infekčních nemocí.

Navzdory tomu, že bylo dosud popsáno více než 400 molekul CD, představují pouze část z celého spektra proteinů exprimovaných na povrchu leukocytů, jejichž počet se odhaduje na více než tisíc. Největší rodinu receptorů kódovaných lidským genomem, která má více než 800 členů, tvoří receptory spřažené s G-proteiny (G protein-coupled receptors –⁠ GPCR). Vážou široké spektrum endogenních ligandů, včetně chemokinů, lipidových mediátorů, hormonů či produktů mikroorganismů, a regulují zásadní fyziologické procesy. V imunitním systému sehrávají GPCR klíčovou úlohu zejména při řízení migrace leukocytů, imunitního dohledu a zánětlivé odpovědi.

GPCR mají společnou strukturu sedmi transmembránových a-helikálních segmentů spojených třemi intracelulárními a třemi extracelulárními smyčkami, extracelulárním N-koncem a intracelulárním C-koncem. Přes tuto relativně konzervovanou architekturu vykazují značnou diverzitu v extracelulárních doménách a výrazně rozdílné expresní profily na jednotlivých imunitních buněčných populacích. Právě nízká hladina exprese na krevních buňkách dlouhodobě komplikovala vývoj vysoce specifických a validovaných monoklonálních protilátek rozpoznávajících nativní GPCR, což se odrazilo v jejich omezeném zastoupení v systému CD.

Zásadní posun v této oblasti přinesl 11. Human Leukocyte Differentiation Antigens Workshops (HLDA11), během nějž byla nově přiřazena nomenklatura CD třinácti GPCR exprimovaným na povrchu imunitních buněk. Jedná se o molekuly CD198 (CCR8), CD199 (CCR9), CD372 (CCR10), CD373 (CX3CR1), CD374 (XCR1), CD375 (GPR15), CDw376 (GPR26), CD377 (SSTR3), CD378 (C3AR1), CDw379 (FPR2), CD380 (LTB4R), CDw381 (GPR183) a CDw382 (F2RL1).

Detailní znalost expresních profilů GPCR na imunitních buňkách popsaná v článku otevírá nové možnosti cílené modulace imunitní odpovědi, identifikace biomarkerů a vývoje nových terapeutických strategií. To je zvláště relevantní v onkologii, kde je precizní regulace imunitního mikroprostředí nádoru klíčovým faktorem úspěšnosti imunoterapie.

 

Genomic complexity and evolution of high-grade serous ovarian cancer treated with platinum-based chemotherapy: advancing precision oncology beyond BRCA1/BRCA2

Pokorná P, … Slabý O, Bednaříková M.

J Ovarian Res 2025; 19 (1): 3. doi: 10.1186/s13048-025-01911-z.

High-grade serózní karcinom vaječníků (high-grade serous ovarian cancer –⁠ HGSOC) patří k nejagresivnějším gynekologickým malignitám a zůstává spojen s vysokou mortalitou, zejména v důsledku pozdní diagnostiky, výrazné biologické heterogenity a rozvoje rezistence k systémové léčbě. Chemoterapie na bázi platiny nadále představuje základní terapeutický pilíř, avšak genomická heterogenita HGSOC komplikuje predikci léčebné odpovědi a identifikaci pacientek, které by mohly profitovat z cílených terapeutických přístupů.

Autoři provedli komplexní genomické profilování 523 nádorově asociovaných genů pomocí panelu TruSight Oncology 500 HT v retrospektivní kohortě 42 pacientek s HGSOC, zahrnující 22 případů senzitivních na deriváty platiny (Pt-S) a 20 případů primárně rezistentních vůči derivátům platiny (Pt-R). U čtrnácti pacientek byly analyzovány párové vzorky nádorové tkáně odebrané před zahájením léčby a po neoadjuvantní terapii nebo recidivě onemocnění, s cílem posoudit změny v klinicky relevantních a cílitelných (actionable) genových alteracích.

Genomické profilování prokázalo výraznou heterogenitu v molekulárních alteracích mezi nádory Pt-S a Pt-R, přičemž amplifikace genu CCNE1 byla častější u případů rezistentních vůči derivátům platiny, což je v souladu s jeho známou asociací s nepříznivou prognózou. Actionable alterace klasifikované podle ESMO Scale for Clinical Actionability of Molecular Targets (ESCAT) v úrovních I–III byly identifikovány u více než poloviny pacientek v obou skupinách (54,5 % pro Pt-S; 55 % pro Pt-R). Hypotetické cíle ESCAT úrovně III byly přítomny přibližně u pětiny analyzovaných případů (18 % pro Pt-S; 20 % pro Pt-R), což poukazuje na možnosti budoucího rozšíření cílených terapeutických strategií u HGSOC.

Analýza párových vzorků dále odhalila dynamické genomové změny nádorů v průběhu léčby. U 60 % pacientek s nádory Pt-S a 44 % pacientek s nádory Pt-R přitom byly prokázány změny, které by mohly ovlivnit terapeutickou využitelnost.

Autoři uzavírají, že studie zdůrazňuje přínos komplexního genomického profilování v managementu HGSOC nad rámec rutinního vyšetření alterací genů BRCA1/2. Zatímco chemoterapie na bázi platiny zůstává nedílnou součástí léčby nově diagnostikovaných i recidivujících onemocnění, molekulární složitost HGSOC zdůrazňuje potřebu personalizovanějších strategií. Zavedené markery, jako jsou změny BRCA1/2, mají rozhodující význam pro vedení cílené léčby pomocí inhibitorů PARP, nicméně další genomické změny představují příležitost k rozšíření terapeutických možností. Vzhledem ke genomické evoluci HGSOC pak může být pro optimální management léčby nezbytné opakované hodnocení nádorového genomu, např. prostřednictvím opakovaných biopsií nebo alternativních přístupů monitorujících změny v průběhu onemocnění.

 

Data-independent acquisition mass spectrometry in tumor classification and cancer biomarker research

Šimoník J, Lapčík P, Bouchalová P, Bouchal P.

Mass Spectrom Rev 2025. [In print]. doi: 10.1002/mas.70014.

Současná léčba nádorových onemocnění zůstává v mnoha případech suboptimální mj. proto, že používané klasifikační systémy nedostatečně odrážejí komplexní molekulární stav nádoru a jeho fenotyp. Přestože genomické a transkriptomické přístupy poskytují rozsáhlá molekulární data, skutečnými funkčními efektory v nádorových buňkách jsou proteiny, které často představují klíčové diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery i cíle terapie. Autoři přehledové práce proto shrnují význam hmotnostní spektrometrie založené na principu tzv. data-independent acquisition (DIA-MS), tedy datově nezávislého sběru dat, jako nástroje umožňujícího detailní a reprodukovatelnou charakterizaci nádorového proteomu.

Metoda DIA-MS v posledních letech překonala tradiční přístup, tzv. data-dependent acquisition (DDA-MS), tedy datově závislý sběr dat, neboť umožňuje systematickou fragmentaci všech prekurzorových iontů v předem definovaných hmotnostních oknech nezávisle na jejich intenzitě. Tento přístup vede k vyšší reprodukovatelnosti měření, nižšímu výskytu chybějících hodnot a lepší kvantitativní robustnosti, což je zásadní zejména při analýze rozsáhlých souborů klinických vzorků. Studie využívající DIA-MS již rekapitulovaly molekulární klasifikaci kolorektálního karcinomu a karcinomu prsu, přispěly ke zpřesnění molekulární klasifikace karcinomu prostaty a dalších nádorů a vedly k identifikaci a validaci diagnostických, prognostických a prediktivních biomarkerů i potenciálních terapeutických cílů u běžných solidních nádorů.

Autoři zdůrazňují význam tkáňově specifických spektrálních knihoven, které jsou nezbytné pro hlubokou charakterizaci tkáňových proteomů a správnou biologickou interpretaci dat. Široce používaný původní přístup SWATH-MS je v současnosti postupně doplňován nebo nahrazován pokročilejšími akvizičními strategiemi, jako jsou DIA-PASEF, Pulse DIA či Scanning SWATH, jež ve spojení s moderním softwarem a přístrojovým vybavením umožňují kvantifikaci více než 10 000 proteinů v nádorové tkáni, a tím výrazně komplexnější pokrytí proteomu. Autoři zároveň upozorňují, že vysoký počet nízce exprimovaných proteinů může zvyšovat variabilitu kvantifikace, což klade zvýšené nároky na návrh studií, velikost analyzovaných kohort a interpretaci výsledků.

Další perspektivy onkoproteomiky podle autorů spočívají v rozvoji tzv. proteomiky jedné buňky (single cell proteomics) a dále prostorové proteomiky (spatial proteomics) a v jejich integraci s klinickými daty. Pro získání klinicky relevantních biomarkerů a terapeutických cílů s translačním potenciálem zůstává nezbytný pečlivý výběr dostatečně velkých kohort, důkladná validace nálezů v nezávislých datových souborech a jejich funkční ověření.

V klinickém kontextu má DIA-MS potenciál nabídnout detailní molekulární charakterizaci nádorové tkáně a sloužit jako východisko pro vývoj cílených hmotnostně-spektrometrických testů vhodných pro rutinní diagnostiku. Jejich zavedení do praxe však bude podmíněno důslednou standardizací pracovních postupů, přísnou kontrolou kvality a harmonizací analytických i bioinformatických kroků napříč pracovišti.


Labels
Paediatric clinical oncology Surgery Clinical oncology
Login
Forgotten password

Enter the email address that you registered with. We will send you instructions on how to set a new password.

Login

Don‘t have an account?  Create new account

#ADS_BOTTOM_SCRIPTS#